超聲波清潔器被清潔件的聲學特性和在清潔槽中的擺放對清潔效果也有較大的影響。吸聲大的清潔件，如橡膠，布料等清潔效果差，而對聲反射強的清潔件，如金屬件，玻璃制品的清潔效果好。
超聲波清潔器清潔件面積小的一面應朝聲源排放，擺放要有必定的間距。清潔件不能直接放在清潔槽底部。尤其是較重的清潔件。以免影槽底板的振蕩，也防止清潔件擦傷底板而加速空化腐蝕。清潔件**好是懸掛在槽中，或用金屬羅筐盛好懸掛。但須留意要用金屬絲做成。并盡可能用細絲做咸空格較大的筐，以削減聲的吸收和屏蔽。
清潔液中氣體的含量對超聲波清潔器清潔效果也有影響。在清潔液中如果有殘存氣體(非空化核)會增加聲傳達丟失，此外在空化泡運動過程中擴散到泡中的氣體，在空化泡潰散時會降低沖擊波強度而削弱清潔效果。因而有些超聲清潔設備具有除氣功能，在開機時先進行低于空化閾值的功率水平作振蕩，以脈沖或間歇方法振蕩進行除氣。然后功率加到正常清潔的功率水平進行超聲清潔；有些超聲清潔設備附有抽氣設備{所謂真空脫氣)，其意圖同樣是削減清潔液中的殘存氣體。 駐波的影響。
超聲波清潔器清潔槽是有限空間，超聲波由聲源向液面傳達時。在液體和氣體的接壤面會反射回來而構成駐波。駐波的特征是在液體空間的某些當地聲壓**小，而在別的一些當地聲壓**大。這樣會造成清潔不均勻的景象。
要削減超聲波清潔器駐波的影響，有時清潔槽特意做成不規則的形狀以防止駐波的構成。有時在超聲電源方面采取掃頻的工方法，使聲壓**小處不固定在一個當地而是不斷地移動。以到達較均勻的清潔。